Pembinaan Masjid Sultan Ismail bermula pada tahun 1986 dan telah siap pada tahun 1990 dengan belanja hampir RM 19 juta. Masjid ini telah dirasmikan oleh DYMM Sultan Iskandar Ibni Almarhum Sultan Ismail, Sultan Johor, pada 23 Ogos 1991. Masjid Sultan Ismail terletak di Dataran Tinggi di tengah-tengah kampus. Kedudukan ini juga selaras dengan konsep pembelajaran Islam yang menjadikan masjid sebagai sumber memperoleh dan menyebarkan ilmu.

Prasarana-prasarana yang terdapat di Masjid Sultan Ismail adalah seperti berikut: